Sau khi từ nhiệm tổng thống, Suharto ẩn cư trong gia viên tại khu vực Menteng của Jakarta, được các binh sĩ bảo vệ và hiếm khi xuất hiện công khai. Gia đình của Suharto giành phần lớn thời gian của họ để chống đỡ các điều tra tham nhũng. Tuy nhiên, bản thân Suharto được các chính trị gia bảo vệ khỏi bị thực sự khởi tố, chức vụ của họ vốn là nhờ ơn của Suharto, điều này được biểu thị trong trao đổi điện thoại bị lộ giữa Tổng thống Habibie và Tổng chưởng lý Andi Muhammad Ghalib trong tháng 2 năm 1999.[93]

Trong tháng 5 năm 1999, Time Asia ước tính tài sản của gia đình Suharto là 15 tỷ USD, Suharto kiện tap chí đòi hơn 27 tỷ USD bồi thường vì phỉ báng.[94] Đến năm 2007, Tòa án Tối cao của Indonesia phán quyết buộc Time Asia phải bồi thường thiệt hại cho Suharto một nghìn tỷ rupiah (128,59 triệu USD).

Ngày 29 tháng 5 năm 2000, Suharto bị đặt dưới quản thúc tại gia khi nhà cầm quyền Indonesia bắt đầu điều tra về tham nhũng trong nhiệm kỳ tổng thống của ông. Trong tháng 7 năm 2000, nhà đương cục tuyên bố rằng ông bị buộc tội biển thủ 571 triệu USD tiền quyên góp cho chính phủ đến một số trong những quỹ do mình kiểm soát và sau đó sử dụng tiền để cấp cho các đầu tư của gia đình. Tuy nhiên, đến tháng 9 các bác sĩ do tòa án bổ nhiệm tuyên bố rằng Suharto không thể hầu tòa vì sức khỏe suy yếu. Các công tố viên nhà nước lại nỗ lực vào năm 2002 song sau đó các bác sĩ viện dẫn một bệnh não không xác định. Ngày 26 tháng 3 năm 2008, một thẩm phán tòa án dân sự phán Suharto vô tội tham nhũng song phán quỹ từ thiện của ông là Supersemar phải trả US$110 triệu.[95]

Năm 2002, con trai của Suharto là Tommy bị tuyên án 15 năm tù giam. Nhân vật này bị kết án ra lệnh sát hại một thẩm phán từng tuyên án ông ta 18 tháng tù giam về tội tham nhũng và sở hữu vũ khí bất hợp pháp. Năm 2006, ông ta được "phóng thích có điều kiện."[96]

Ngày 9 tháng 7 năm 2007, các công tố viên Indonesia đệ đơn kiện dân sự chống Suharto, nhằm thu hồi công quỹ nhà nước.[97]

Ngày 4 tháng 1 năm 2008, Suharto được đưa đến Bệnh viện Pertamina tại Jakarta với các biến chứng phát sinh từ một cơn yếu tim, phù chân tay và bụng, và suy thận cục bộ.[98] Sức khỏe của ông thay đổi thất thường trong vài tuần song dần tệ hơn.[99] Ngày 23 tháng 1, sức khỏe của Suharto tệ hơn do nhiễm trùng huyết.[100] Gia đình ông chấp thuận loại bỏ các máy hỗ trợ sinh tồn, và ông từ trần vào 1:10 ngày 27 tháng 1[101][102]

Thi thể của Suharto được đưa từ Jakarta đến tổ hợp lăng mộ Giri Bangun gần thành phố Solo thuộc Trung Java. Ông được an táng cùng người vợ quá cố trong một tang lễ quân sự cấp nhà nước với đầy đủ lễ nghi.[103] Tổng thống đương nhiệm Susilo Bambang Yudhoyono, phó tổng thống, các bộ trưởng, và tổng tham mưu trưởng lực lượng vũ trang tham dự tang lễ. Hàng nghìn dân chúng xếp hàng dọc các đường phố để xem đoàn hộ tống.[104] Nhiều nguyên thủ quốc gia trong khu vực gửi lời chia buồn, và Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono tuyên bố một tuần tang lễ chính thức.[105]